L'Aquarium Intra-Muros de Saint-Malo est aujourd'hui consacré aux poissons d'eau douce tropicale originaires d'Asie, d'Afrique et d'Amérique. Il est situé près de l'Hôtel de Ville, à l'intérieur d'une courtine de rempart reliant la porte Saint-Thomas au Fort de la Reine. Il se trouve donc au coeur de l'enceinte historique de Saint-Malo, derrière la grande porte médiévale.

L'espace consacré aux visiteurs est assez restreint, mais suffisant. La trentaine de bacs est parcourue en ligne, sur la droite d'un long couloir sombre. Les décors des bacs sont variés et intéressants.

En 1973, l'Aquarium Intra-Muros s'est adjoint un exotarium situé dans un bâtiment en face de l'entrée de l'aquarium. Il permettait de découvrir sur deux niveaux d'exposition, plus de 60 terrariums où vivaient crocodiles, tortues, iguanes et autres reptiles. Ce site a fermé au début des années 1990.

L'Aquarium Intra-Muros de Saint-Malo est implanté dans un cadre original et possède une intéressante petite collection de poissons.