L'Aquarium du Grand Lyon a été créé par Maurice Chichportiche et inauguré en octobre 2002, après 10 millions d'euros d'investissements. Ce passionné d'aquariologie, homme de challenges, avait déjà racheté en 1994 l'Aquarium Intra-Muros de Saint-Malo (France), fondé en 1963 par le biologiste Jean Grivet. Deux années plus tard, en 1996, il avait ouvert un second établissement, le Grand Aquarium de Saint-Malo. Le succès fut immédiat ; avec 500 000 visiteurs dès la première année, le Grand Aquarium de Saint-Malo devient rapidement le site privé payant le plus visité de Bretagne. En 1998, Maurice Chichportiche revend les aquariums de Saint-Malo au groupe Grévin & Cie pour s'investir dans un nouveau défi : la création d'un aquarium à Lyon. Pour cela, il va s'entourer d'une équipe reconnue.
Jean Carlus rêvait de construire de grands aquariums afin de pouvoir conjuguer ses savoir-faire en aquariologie, en génie climatique et en technologies du bâtiment. Sa rencontre avec Maurice Chichportiche en 1994 lui permet de passer à l'acte avec brio si l'on en juge par la notoriété du Grand Aquarium de Saint-Malo, fruit d'une qualité scénographique unanimement reconnue. Jean Carlus y ajoutera en 1998 un grand bassin de contact après avoir procédé, en 1997, à la refonte complète de l'Aquarium Intra-Muros de Saint-Malo. Il fut le chef de projet de l'Aquarium du Grand Lyon.
Pierre-André Louis, architecte spécialisé dans les logements collectifs et individuels, signa, à La Mulatière, son premier aquarium. C'est en 1997 qu'il rencontra Maurice Chichportiche lors d'une visite du Grand Aquarium de Saint-Malo et lui exprima alors son souhait de mettre ses compétences architecturales au service d'un espace dédié à la nature. L'Aquarium du Grand Lyon lui a offert l'opportunité de réaliser son rêve. Il a conçu le bâtiment selon le principe de la double vis de Chambord qui permet un cheminement en continu : le public descend visiter les bassins, puis remonte par un autre circuit qui s'imbrique dans le précédent, sans emprunter le même chemin.
Enfin, Jean-Marie Pédron, juriste de formation, mais surtout passionné par la vie marine, a également participé à l'affaire. Pionniers de l'aquaculture en France, ses parents ont longtemps exploité au Croisic une ferme marine ; il y a travaillé pendant huit ans comme responsable de l'écloserie puis de l'unité de production (élevage de poissons, crustacés et mollusques). En 1995, il fut engagé par Maurice Chichportiche à l'occasion de la création du Grand Aquarium de Saint-Malo. Sa mission fut de mettre en place le volet pédagogique du site malouin. En 1999, il se vit confier par Grévin & Cie la communication puis la direction marketing du site. Il a finalement rejoint Maurice Chichportiche en juin 2002 pour prendre la direction générale de l'Aquarium du Grand Lyon.

En 2003 et en 2004, l'Aquarium du Grand Lyon se développe pas à pas. Certaines éléments ou concepts, comme "la carte à pouce", système qui permettait d'obtenir des réductions lors de visites ultérieures après reconnaissance d'une empreinte digitale, durent être abandonnés après poursuite judiciaire à ce sujet. Mais, le nombre de visiteurs, estimé à 500 000 par an, a des difficultés à se maintenir et la rentabilité de l'établissement devient hésitante. Fin 2005, Maurice Chichportiche et son équipe sont obligés de se mettre en liquidation judiciaire et le site est fermé au public. Heureusement, un groupe espagnol, Aspro Ocio, déjà gérant de plusieurs espaces similaires en Europe, rachète le complexe un peu plus d'un mois après la liquidation et le rouvre au public un mois plus tard. Une nouvelle direction et une nouvelle équipe sont mises en place.
En 2006, plusieurs améliorations et travaux seront effectués, particulièrement au niveau technique, rien n'ayant évolué dans les coulisses depuis l'ouverture en 2002. Des filtrations mécaniques seront installées dans chacun des bacs, en sus de la filtration biologique déjà existante. Quelques vitres d'aquariums seront également changées. Des modifications plus visibles du public auront lieu en 2007, puisqu'il est prévu de rénover les revêtements, la peinture... et d'offrir ainsi à l'Aquarium du Grand Lyon une nouvelle jeunesse et un nouveau départ.

L'Aquarium du Grand Lyon est le premier établissement de ce genre à s'implanter dans une grande ville, loin du littoral. La visite se fait comme une longue balade à travers les fleuves et les océans : de l'eau douce à l'eau de mer. Le cycle de l'eau se dévoile en une sorte de parcours initiatique construit autour de différents espaces de présentation. Ce voyage au long cours a été imaginé par les concepteurs de l'Aquarium du Grand Lyon avec une dimension éducative importante. Il se fait à travers différents locaux organisés pour faciliter la sensibilisation du grand public à la fragilité de l'écosystème marin. Il ne s'agit pas seulement de voir et de s'émerveiller, mais de comprendre les principaux enjeux liés à la conservation de la faune et des espaces qui l'abritent. De nombreux dispositifs techniques et architecturaux ont été adoptés afin de mettre le visiteur en prise directe avec l'élément liquide et ses occupants.
L'ensemble des bacs montre le souci constant de s'adapter à tous les publics et en particulier aux enfants. Ainsi, la grande majorité des surfaces vitrées du circuit commence au ras du sol. L'emploi de méthacrylate à la place du verre confère à certains bacs une transparence totale, en dépit d'épaisseurs importantes, donnant un confort visuel maximum. La plupart des bacs bénéficient d'un important travail de reconstitution des fonds marins, assurant ainsi une décoration en harmonie parfaite avec le milieu naturel dans lequel évoluent traditionnellement ces animaux.

La première salle de présentation est consacrée aux eaux douces tempérées. Elle accueille un certain nombre d'espèces de poissons de l'hémisphère Nord (Europe, Amérique du Nord) comme l'esturgeon, le silure, le brochet...

Le bac principal de l'Aquarium du Grand Lyon a été nommé "l'épave des requins". Comme son nom l'indique, il abrite quatre requins à pointes noires (tous des mâles), cinq à pointes blanches (trois femelles et deux mâles), un requin nourrice mâle, un couple de requins gris, six raies pastenagues violettes (cinq femelles, dont une était pleine de futurs petits lors de notre visite, et un mâle) et quatre raies guitares (deux femelles et deux mâles), sans oublier un mérou. Ce bassin est visible sur deux étages à partir de la salle des eaux douces froides et de la salle des eaux de mer tropicales. C'est véritablement un bac géant de 8 mètres de haut sur 14 mètres de façade avec 500 000 litres d'eau de mer. Un verre de 23 centimètres d'épaisseur sépare les visiteurs du bassin. Une épave sert de décor.
Vendredi 24 février 2006, l'Aquarium du Grand Lyon accueillait deux nouveaux pensionnaires, des requins gris. Ils arrivaient tout droit des Bahamas où ils furent prélevés quarante-huit heures plus tôt. Le long voyage les aura mené des Bahamas à Miami, puis en avion à Madrid, où ils ont pris la route par camion jusqu'à Lyon. Agés d'un an et demi, ils ne mesurent actuellement qu'un mètre vingt pour la femelle et un mètre quarante pour le mâle. A l'âge de quatre ans, ils seront adultes et leur taille pourra dépasser trois mètres.

La salle des eaux douces tropicales accueille une multitude de poissons de l'hémisphère Sud avec entre autres des cichlidés américains et africains, des piranhas, des poissons aveugles, des mormyres... et des tortues de Floride.

La salle des eaux de mer tropicales présente des animaux issus de différentes régions du monde : Mer Rouge, Océan Indien, Océan Pacifique et en particulier des poissons clowns, chirurgiens, papillons, napoléon, anges, mais aussi des murènes, des rascasses et de superbes coraux.

La dernière salle de présentation est la salle des cinq sens. Elle abrite des gobies, des anémones, des mollusques, des échinodermes, des crevettes, des hippocampes, des poissons mandarins, des langoustes bleues, des pieuvres, des poissons pierre, tous issus de l'Océan Atlantique et de la mer Méditerranée. "La forêt de la pluie" permet de vivre durant une dizaine de minutes un impressionnant orage des régions tropicales. Enfin, le bassin tactile permet aux enfants de toucher des turbos, des oursins, des étoiles de mers et les très surprenants concombres de mer.

Si les poissons ne parlent pas, en tout cas ils chantent, et en direct, grâce au mormyrophone, un dispositif conçu par Christian Graff (enseignant chercheur au laboratoire de biologie du comportement de l'université Pierre Mendès France de Grenoble), dispositif capable de détecter et de traduire en images et en sons les décharges émises par le mormyre. Ce petit poisson vit dans les cours d'eau d'Afrique tropicale et équatoriale et utilise l'électricité pour communiquer avec ses congénères, chercher sa nourriture, sonder son territoire... Tout cela grâce à un organe situé dans sa queue et capable d'émettre des micro-décharges.

L'Aquarium du Grand Lyon propose également à ses visiteurs une salle de cinéma de 220 places appelée "le Hublot" présentant des films documentaires de 15 minutes, diffusés trois fois par heure. La boutique participe aussi à la visite, elle présente des espaces à thèmes : enfants, objets décos, saveurs marines, écriture et livres qui prolongent le voyage des visiteurs dans l'univers marin. On y retrouve aussi des objets estampillés "Aquarium du Grand Lyon". Deux espaces de restauration rapide complètent l'installation.
Côté coulisses, l'aquarium est un labyrinthe sur plusieurs étages avec les accès aux bassins, les salles techniques et les deux salles de quarantaine (eau froide et eau chaude) qui permettent d'accueillir les nouveaux poissons, d'isoler les animaux malades et les derniers-nés.

En conclusion, l'Aquarium du Grand Lyon est un aquarium moderne et de conception originale. La succession des salles de présentation permet une approche agréable et éducative du monde aquatique.